«موسسه تحقیقاتی پولی و بانکی» ابتدا با توجه به نیاز تمرکز تحقیقاتی در زمینه‎ های پولی، ارزی و بانکی و گسترش آنها با رویکردی کاربردی، به عنوان بازوی تحقیقاتی بانک مرکزی جمهوری اسلامی ایران در سال 1369 تاسیس شد و در ادامه با تصویب و اجرای برنامه سوم توسعه کشور که حاوی مجموعه گسترده‌ای از سیاست‎ های اصلاحی در بخش‎ های مختلف اقتصادی به ویژه در حوزه‎ های پولی، مالی، ارزی و بانکی است، پس از یک سلسله تغییرات گسترده در ساختار، اهداف و وظایف در سال ۱۳۸۰ به «پژوهشکده پولی و بانکی» ارتقاء سطح یافت.