ارکان جایزه ملی سیاستگذاری، به شرح زیر است:

تیم اجرایی:  برنامه ‌ریزی، طراحی سازوکارها، ارتباط با اندیشکده‌ها، هماهنگی با شورای علمی و هیئت داوران و اجرای سایر فرآیندهای برگزاری جایزه بر عهده تیم اجرایی جایزه -شامل اعضای تیم جامعه اندیشکده ‌ها- است.

دبیران محتوایی: با تخصصی شدن ساختار جایزه و محورهای آن، استفاده از ظرفیت افراد فعال در اندیشکده‌ها و زیست‌بوم اندیشه‌ورزی به عنوان راهبران محتوایی محورها اجتناب ناپذیر است. بدین منظور برای هر یک از محورهای اصلی و بخش اندیشکده نوپا از میان افراد فعال در زیست‌بوم اندیشه‌ورزی که سابقه فعالیت جدی در اندیشکده‌ها و محورهای مربوطه را دارند، یک نفر به عنوان دبیر محتوایی انتخاب می‌گردد.

شورای علمی: مرکب از اندیشه‌ورزان ارشد اندیشکد‌ه‌های کشور که در مرحله اول، وظیفه ارزیابی مستندات پژوهش ‌های ارسالی را بر عهده دارند و در مرحله دوم، در قالب کمیته ‌های علمی برای هر پنل تخصصی، به داوری ارائه‌ های حضوری می‌پردازند.

هیئت داوران: متشکل از افراد پرسابقه ‌ای که علاوه بر تجربه فعالیت در اندیشکده‌ ها در سطوح مدیریتی و سیاستگذاری کشور نیز ایفای نقش نموده اند. هیئت داوران وظیفه داوری و ارزیابی کلیه ارائه ‌های پنل نهایی را در مرحله سوم جایزه بر عهده دارند و توسط اندیشکده ‌های مشارکت‌ کننده در جایزه انتخاب می‌شوند.