پژوهشکده به هر کدام از بخش های یک پژوهشگاه که در زمینه یا رشته ویژه ای پژوهش کرده و کار بر روی موضوع و رشته ویژه ای را دنبال می کنند گفته می شود.
همانگونه که دانشکده زیرشاخه ای از یک دانشگاه است پژوهشکده نیز زیرشاخه ای از یک پژوهشگاه به شمار می رود.
به شکل کلی پژوهشکده یک پیکره سازمانی (organisational body) است که برای هدفی خاص ایجاد شده است.در این حالت پژوهشکده می تواند از سوی یک دانشگاه، سازمان و… ایجاد شود. در صورتی که حدود فعالیت های پژوهشی دانشگاه از سطح یک دانشکده، فراتر باشد و ایجاد موسسه ای در دانشگاه یا به صورت مستقل ضرورت یابد، پژوهشکده با شرایط زیر تأسیس می گردد:
الف: فعالیت های تحقیقاتی پژوهشکده در زمینه های بنیادی، کاربردی یا توسعه ای و منطبق بر نیازهای اساسی کشور خواهد بود و پژوهشکده در یک رشته مشخص یا به صورت میان رشته ای می تواند در هر یک از زمینه های فوق تشکیل گردد.
ب: داشتن حداقل ۳ گروه پژوهشی
ج: داشتن امکانات و تجهیزات مستقل برای امور تحقیقاتی – پژوهشکده، از نظر مالی، مستقل و از نظر اداری، مشابه یک دانشکده خواهد بود.
