با توجه به گسترش و رشد زیست بوم اندیشکده‌ای کشور در دهه اخیر و توجه دغدغه‌مندان و نخبگان به حل مسائل حکمرانی در قالب فعالیت اندیشکده‌ای، دبیرخانه دومین جایزه ملی سیاستگذاری بخش ویژه‌ای را با عنوان «اندیشکده نوپا» در این رویداد ملی در نظر گرفته است.
هدف از این بخش، شناسایی و معرفی اندیشکده‌های تازه تاسیس و برتر، به این زیست بوم است تا الگویی برای فعالیت سایر علاقه مندان در این حوزه باشد. مبتنی بر نظر دبیر محتوایی بخش اندیشکده نوپا جناب آقای دکتر «روح‌الله هنرور» اندیشکده‌هایی که از سال 1399 به بعد تأسیس شده اند، می‌توانستند در این بخش رقابت کنند. از این رو از میان 107 اندیشکده شرکت کننده در دومین جایزه ملی سیاستگذاری، تعداد 26 اندیشکده شرط لازم برای رقابت در این بخش را دارا بودند.
دبیرخانه رویداد از این اندیشکده‌ها اطلاعاتی نظیر «ساختار سازمانی»، «وابستگی نهادی»، «شبکه مشاوران و همکاران»، «تعداد پروژه‌های انجام شده» و «ارزش قراردادهای مالی» را دریافت کرد.