در مرحله دوم جایزه ملی سیاست‌گذاری، پروژه‌هایی که در مرحله ارزیابی مستندات، امتیاز بالاتری کسب نموده اند، جهت ارائه حضوری در پنل‌های موضوعی انتخاب شدند. در همین راستا 61 پروژه با امتیاز ارزیابی بالاتر انتخاب و در 16 پنل موضوعی چینش شدند. این پروژه‌ها طی مدت 8 روز از تاریخ 9 الی 16 اسفندماه در حضور کمیته‌ علمی هر پنل -مرکب از 3 نفر از اعضای شورای علمی جامعه اندیشکده‌ها- ارائه و از نظر کیفیت علمی و پژوهشی داوری خواهند شد. پس از ارائه و ارزیابی پروژه ها در پنل‌های تخصصی، 16 پروژه (از هر پنل یک پروژه) برای ارائه در مرحله سوم با حضور هیئت داوران جایزه، معرفی می‌شود.
لازم به ذکر است ارائه پروژه ها در پنل های موضوعی جایزه ملی سیاستگذاری از کانال آپارات و صفحه اینستاگرام جامعه اندیشکده ها بصورت زنده پخش خواهد شد.